Das Stift Lilienfeld wurde 1202 vom Babenberger Herzog Leopold VI. gegründet und vom Zisterzienserstift Heiligenkreuz aus besiedelt. Getreu dem Zisterzienser Grundsatz der Abgeschiedenheit wurde es in einer unwegsamen, sumpfigen und bewaldeten Gegend am Ufer der Traisen „auf dem Lilienfeld“ gebaut. Nach der Blütezeit im 14. Jahrhundert gab es einen Niedergang in der Reformationszeit, sodass Ende des 16. Jahrhunderts nur noch 6 Mönche im Konvent lebten. Im Zuge der Gegenreformation nahm durch engagierte Äbte die Bedeutung Lilienfelds wieder zu, das Stift war und ist ein Meilenstein am Pilgerweg nach Mariazell.
In der Barockzeit wurde das Stift durch Abt Peckenstorfer derart großzügig erweitert, dass es praktisch bankrott war und durch Kaiser Joseph II. aufgelöst wurde. Leider wurden dadurch viele Kunstschätze in verschiedene Pfarren verstreut, gingen verloren oder wurden als Altmetall verkauft. Die Bibliothek ging an die k.k. Hofbibliothek.
Kaiser Leopold II. ließ das Stift wieder aufleben und mit dem charismatischen Abt Ladislaus Pyrker (der eine steile Karriere bis zum Patriarch-Erzbischof von Erlau durchlief) erlebte das Stift einen neuen Aufschwung und ist durchgehend bis in die heutige Zeit aktiv.
In der Stiftskirche sind Herzog Leopold VI., seine Tochter Margarethe und Cimburgis von Masowien, die Mutter Kaiser Friedrichs III., bestattet.
Der Kreuzgang zeigt einen Übergangsstil von der Romanik zur Gotik. Darin befindet sich auch das Brunnenhaus (heutige Gestalt 1886), essentiell für ein Zisterzienserkloster. Im Kapitelsaal finden in den Wintermonaten die täglichen Messen statt.
Das Innere der Stiftskirche wurde in der Barockzeit prunkvoll umgestaltet und die Stiftsanlage um mehrere Trakte erweitert.
